一、工程审计类型
工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
有性投资的建设项目，一律要进行工程审计。即所有行政、事业单位的建设项目都要经过造价审计和财务决算审计。非性投资的建设项目，规模较大而且涉及的利害关系人较多的，必须进行工程造价审计，比如房开企业开发的房地产。企业建造自用的建设项目由企业决定是否审计。但不管什么建设项目，必须具备一定的规模才需要审计，比如你为机关搭建一个简易车棚，造价1000元，这就不需要审计。
二、建筑工程审计收费
基本建设财务管理规定（财建［2002］394号）文中第十九条明确规定，建设工程待摊投资包括社会中介机构审计费用；在财政部的其他相关规定也有这方面规定。实际操作中，基本服务费率主要根据工程投资总额确定（这部分金额主要满足中介机构的交通、食宿、单位收益等基本费用）。追加服务费率的确定时：
（一）经过建设单位初审的工程相对定高一些；
（二）未经初审的相对低一些（有些中介甚至主动要求只要1％的追加费，不再计取基本费）。为了避免审减追加费用偏差较大的结果出现，中介服务合同中一般还约定，总造价审减10％范围内的服务费由建设单位支付，审减超出10％部分服务费由施工单位支付，达到风险甲乙双方共担，同时还能约束施工单位不要乱编结算。
单独签订委托合同，支付服务费用，应在该建设工程管理费用中进行列支，列支方式在工程财务相关规定中有具体规定。国家《基本建设财务管理规定》（财建［2002］394号），第十九条明确规定：待摊投资包含社会中介机构审计、审查费，指的就是该费用如何列支。国家没有出台法律规定，一般合同里面会有约束，约定甲乙双方的结算价是以最终审计后的数额，作为双方最后的结算数额。如果没有约定，理论上则应该由甲方出。但是现在甲方都很强势，乙方一般都会自己掏腰包买单的。
