犯罪轻微不予起诉是否会有案底，要分情况而定：
1、如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于某些原因而没有提起诉讼的就会留下案底。犯罪记录只能由人民依法判决，但是如果确实构成犯罪的，人民判决生效以后，会有犯罪记录；
2、不起诉说明行为人并未被法律定罪，也就是无罪之人，自然是没有犯罪记录的。前科主要是指行政处罚的处罚记录，当地机关都会将相关档案、信息进行保存的。但上述两样记录不是对任何人都开放的，只有国家机关给予办案需要，报请有权机关审批后，记录才对外提供。不对普通单位或个人提供查询业务。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
