运输毒品案证据不足，不能认定被告人有罪的，则应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。只有案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律能认定被告人有罪的，才能作出有罪判决。
【法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条
人民认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民。
第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
