法律分析：公司犯罪行为是指公司员工在工作中违反法律法规、职业道德等规定，导致公司或他人遭受经济损失的行为。在面临公司犯罪行为时，公司应采取以下措施保护自己的合法权益：
1.积极配合执法机关的调查。公司应主动配合执法机关的调查，提供相关证据和资料，以便执法机关能够及时查清事实，保护公司的合法权益。
2.及时聘请律师进行辩护。公司在面临犯罪指控时应及时聘请律师进行辩护，以保护公司的合法权益。
3.主动赔偿受害方的经济损失。如果公司确实存在犯罪行为，并导致他人遭受经济损失，应该主动承担相应的赔偿责任，以避免进一步损害公司的合法权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第七十四条规定：“企业单位犯罪，应当对其直接责任人员和其他直接责任人员，依法追究刑事责任；同时，企业单位应当承担刑事责任”。
2.《中华人民共和国企业破产法》第三十六条规定：“在公司、合伙企业破产时，其债权人可以依法要求其对法人代表、董事、监事、经理、财务负责人等承担附带民事责任”。
3.《中华人民共和国公司法》第一百零规定：“公司应当承担依法应承担的赔偿责任”。
总之，公司在面临犯罪行为时，应该采取积极措施保护自己的合法权益，同时承担相应的赔偿责任，以避免给公司带来不必要的损失。
