工商注册与合伙协议不一致解决如下：
1、如果合伙协议在前面，公司章程在后面，毋庸置疑，后面的肯定优先于前面的，因为有登记的协议的效力肯定优于没有登记的，有备案的优先使用；
2、如果公司章程已经交上去了，后来又做了一个合伙协议，这种情况下按照生效时间前后来解决。
认定股东资格的条件如下：
1、当实质性证据与形式化证据发生冲突时，应优先适用形式化证据来认定股东的资格；
2、在对内关系，即股东资格的争议发生于公司与股东、股东与股东或股份出让人与受让人之间，也就是不存在第三人时，工商登记只具有对外公示的功能和证权的效力，应当以股东名册和公司章程记载为认定股东资格的依据；如果公司章程记载与股东名册记载的内容发生冲突，原则
设立股份有限公司的程序如下：
1、协议由所有发起人发起并建立；
2、全体发起人制定公司章程；
3、提前批准申请名称；
4、进行必要的行政审批；
5、股东认购股份并支付出资；
6、验资机构进行验资；
7、确定公司的组织机构，选举董事会和监事会；
8、申请设立登记；
9、登记发照。上应坚持公司章程优先适用的原则处理；
3、在对外关系上，工商登记是对抗第三人最主要的证据。
综上所述，先有合伙协议，再有公司章程。公司章程是有备案的，在工商局可以对外查询。而合伙协议是内部协议，不可对外披露。
【法律依据】：
《合伙企业法》第四条
合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。
