夫妻起诉离婚，两个孩子的抚养权可以由双方进行协商，在协商不成时，会根据有利于小孩成长为原则，若夫妻双方条件相当是一方抚养一个。在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予准许。
【法律依据】
根据2021年实施的《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
