如何处理非法克扣工资？协商退还、劳动仲裁、起诉是可选方案。劳动争议调解委员会和劳动争议仲裁委员会可提供帮助。仲裁裁决需在规定时间内提出异议，否则必须履行。对仲裁裁决不满可向起诉。孕期女职工产检需计入劳动时间，无次数，不得扣工资，依据《女职工劳动保护特别规定》第六条。
法律分析
一、非法克扣工资应该怎么办?
你可以找单位协商，让单位退还克扣的工资。如果协商不成可以去申请劳动仲裁，如果对劳动仲裁结果不满意，你可以去起诉。但是记住你要自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民提起诉讼。
第七十九条劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民提起诉讼。
第八十条在用人单位内，可以设立劳动争议调解委员会。劳动争议调解委员会由职工代表、用人单位代表和工会代表组成。劳动争议调解委员会主任由工会代表担任。
劳动争议经调解达成协议的，当事人应当履行。
第八十一条劳动争议仲裁委员会由劳动行政部门代表、同级工会代表、用人单位方面的代表组成。劳动争议仲裁委员会主任由劳动行政部门代表担任。
第八十二条提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。仲裁裁决一般应在收到仲裁申请的六十日内作出。对仲裁裁决无异议的，当事人必须履行。
第八十三条劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民提起诉讼。一方当事人在法定期限内不起诉又不履行仲裁裁决的，另一方当事人可以申请人民强制执行。
二、孕期女职工产检扣工资违法
《女职工劳动保护特别规定》第六条规定，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间。该条文没有对产检次数进行，即只要是根据医嘱进行的正常必要的产检，都应该计入劳动时间，算正常出勤，不能按病假、事假、产假、旷工等来算。
结语
合理维护劳动者权益，是保障劳动关系稳定的重要环节。对于非法克扣工资，可以通过单位协商、劳动仲裁和起诉等途径来维权。劳动争议调解委员会和劳动争议仲裁委员会的设立，为解决劳动争议提供了渠道。同时，孕期女职工进行产前检查的时间应计入劳动时间，根据《女职工劳动保护特别规定》的规定，正常必要的产检不应被扣除工资或算作假期。我们应当积极维护劳动者权益，确保公平公正的劳动环境。
法律依据
中华人民共和国刑法（2020修正）：第二编 分则 第五章 侵犯财产罪 第二百七十六条之一 以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
有前两款行为，尚未造成严重后果，在提起公诉前支付劳动者的劳动报酬，并依法承担相应赔偿责任的，可以减轻或者免除处罚。
中华人民共和国监狱法（2012修正）：第五章 对罪犯的教育改造 第七十二条 监狱对参加劳动的罪犯，应当按照有关规定给予报酬并执行国家有关劳动保护的规定。
中华人民共和国监狱法（2012修正）：第五章 对罪犯的教育改造 第七十三条 罪犯在劳动中致伤、致残或者死亡的，由监狱参照国家劳动保险的有关规定处理。
