建设工程分包合同纠纷的管辖应为被告住所地或合同履行地的，与建设工程施工合同纠纷的管辖不同。在签订工程分包合同时，甲方需注意自身是否具有分包权利以及乙方是否有实施分包工程的资质。其他注意事项包括明确招标文件中的分包内容、约定总包合同不包含指定分包工程、避免与指定分包人签订合同、保存书面证据资料等。总体而言，建设工程分包合同纠纷的管辖需根据相关法律规定，与建设工程施工合同纠纷的管辖不同。
法律分析
一、如何建设工程分包合同纠纷管辖
《最高人民关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十第二款明确了建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，并不包含建设工程分包合同纠纷案件。故建设工程分包合同纠纷案件应当由被告住所地或者合同履行地管辖。
二、签订工程分包合同要注意什么
分包合同甲方一般是指发包方，首先要关心两个问题：
1、自身是否具有将工程分包的权利;
2、乙方是否具有实施分包工程的资质。其他需要注意的问题也很多，但注意的是：
①建议业主应在招投标阶段将指定分包内容明确化，业主招标文件不明确时应及时提出咨询。应在总承包合同条款中详细约定指定分包工程的具体内容，明确承、发包双方的权利义务和相关费用的收取方法。
②总包合同中，总包承包范围、工程工期等方面尽可能约定不包含指定分包工程内容。
③作为总承包人，应尽量避免与指定分包人签订指定分包合同，争取使发包人与指定分包人直接签订指定分包合同，使指定分包工程变为总包合同外工程。
④若必须与指定分包人签订指定分包合同的，争取签订包括发包人、指定分包人在内的三方协议，约定总承包人仅履行总包管理之责，付款义务在发包人一方。
⑤应保存好施工过程中与指定分包人之间的往来函件、签证、会议纪要等原始书面的证据资料。
⑥在指定分包工程的工程款经过总包帐户情形下，指定分包合同中还可明确约定，总承包人支付指定分包人工程款应以总承包人收到发包人的该部分工程款为前提条件，若指定分包人在不具备该前提条件的情况下，以任何形式向总承包人主张工程款均视为违约，应承担一定数额的违约金。
⑦若必须只与指定分包人签订指定分包合同的，应和发包人、指定分包人明确约定，应付给指定分包人的资金(工程款)必须先进入总包帐户之后再付给指定分包人，力戒发包人直接付款给指定分包人，同时可要求指定分包人提供履约保证金或履约保函。
综上，根据有关法律的相关规定，建设工程分包合同纠纷管辖应该是被告住所地或者合同履行地的，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，并不包含建设工程分包合同纠纷案件。
结语
综上所述，根据最高人民的解释，建设工程分包合同纠纷应由被告住所地或合同履行地的管辖。与此同时，签订工程分包合同时需要注意甲方是否具有分包权利以及乙方是否具备实施分包工程的资质。此外，在招投标阶段要明确指定分包内容，约定双方权益和相关费用的收取方式。总包合同中应尽量避免包含指定分包工程内容，或通过三方协议明确责任和付款义务。保存与指定分包人之间的书面证据资料也至关重要。总之，根据法律规定，建设工程分包合同纠纷的管辖应根据被告住所地或合同履行地确定。
法律依据
中华人民共和国航道法（2016修正）：第三章 航道建设 第十一条 航道建设单位应当根据航道建设工程的技术要求，依法通过招标等方式选择具有相应资质的勘察、设计、施工和监理单位进行工程建设，对工程质量和安全进行监督检查，并对工程质量和安全负责。
从事航道工程建设的勘察、设计、施工和监理单位，应当依照法律、行规的规定取得相应的资质，并在其资质等级许可的范围内从事航道工程建设活动，依法对勘察、设计、施工、监理的质量和安全负责。
中华人民共和国建筑法（2019修正）：第三章 建筑工程发包与承包 第二节 发 包 第二十一条 建筑工程招标的开标、评标、定标由建设单位依法组织实施，并接受有关行政主管部门的监督。
中华人民共和国建筑法（2019修正）：第八章 附 则 第八十一条 本法关于施工许可、建筑施工企业资质审查和建筑工程发包、承包、禁止转包，以及建筑工程监理、建筑工程安全和质量管理的规定，适用于其他专业建筑工程的建筑活动，具体办法由规定。
