刑事案件可以。刑事案件的复杂性，同一个案件两次立案时有发生，同一个件由不同的机关进行立案是可以的，侦查机关内部会解决此种问题，最终案件还是只能立案。民事案件不可以。民事诉讼法规定的原则是一时不再审，因此一个案由只能立案一次。
一、立案与立案的区别是什么
立案与立案的区别如下：
1、机关立案侦查的主要是刑事案件；立案的案件可能是民事案件，也有可能是行政案件，还有可能是刑事自诉案件；
2、两者的性质不同。对于机关管辖的重大犯罪案件，需要由人民直接受理的时候，经省级以上人民决定，可以由人民立案侦查。自诉案件，由人民直接受理。
立案往往需要约束人身自由，立案对人身自由是不会有约束性质的。
二、怎样属于刑事案件
刑事案件是与民事案件、行政案件相对应的概念。我不想对这些概念做学术上的界定，只想给大家做一个通俗的解释。
所谓案件，在狭义上，可以通俗地理解为需要通过诉讼程序去解决的纠纷。因此，民事案件就是公民、法人、其他组织之间产生的、需要通过民事诉讼程序去解决的民法上的纠纷。行政案件就是公民、法人、其他组织与行政机关产生的、需要通过行政诉讼去解决的行上的纠纷。
同理，刑事案件，就是公民、法人、其他组织与国家之间产生的、需要通过刑事诉讼去解决的刑法上的纠纷，其实质是，公民、法人、其他组织的某个行为是否触犯了刑法、是否构成犯罪、是否应当承担以及承担何种刑事责任。
国家是一个抽象的存在，不可能亲自参加刑事诉讼，于是就由侦查机关、公诉机关代表国家提出指控，由被指控的公民、法人或者其他组织进行反驳，或者聘请专业的辩护人代为反驳，人民则依照法定程序居中裁判，最终作出指控是否成立的判决。
根据启动程序的不同，刑事案件分为公诉案件、自诉案件和告诉才处理的案件。公诉案件由侦查机关依职权立案侦查，自诉案件由被害人直接向人民起诉，告诉才处理的案件，被害人必须向司法机关告诉，司法机关才会处理。
三、不立案后向申请立案可以吗
不可以，刑事案件不立案，不能侦查。但可以监督要求机关立案。
机关在受理案件的时候应该报案人出具相关的受理回执，机关受理案件后需要对案件进行立案侦查的，应该立案，如果不立案的应该制作不予立案通知书给报案人。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零人民接到当事人提交的民事起诉状时，对符合《民事诉讼法》第一百一十九条的规定，且不属于第一百二十四条规定情形的，应当登记立案;对当场不能判定是否符合起诉条件的，应当接收起诉材料，并出具注明收到日期的书面凭证。需要补充必要相关材料的，人民应当及时告知当事人。在补齐相关材料后，应当在七日内决定是否立案。立案后发现不符合起诉条件或者属于《民事诉讼法》第一百二十四条规定情形的，裁定驳回起诉。
