两种途径在商标注册申请审查方面并无差别。其主要区别是发生联系的方式不同、提交的书件和文件递交方式稍有差别。
1、在发生联系的方式方面
直接到商标局办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系；委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。
2、在提交的书件方面
直接到商标局办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交经办人本人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的代理委托书。
3、在文件递交方式方面
申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标注册大厅受理窗口；商标代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交商标注册申请。
4、在文件送达方式方面
申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人；委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。
一、商标许可备案具体步骤是什么
（一）准备申请书件
1、应提交的申请书件：
A．报送商标使用许可备案或者再许可备案的，提交以下书件：
（1）《商标使用许可备案表》；
（2）许可人／被许可人的身份证明文件复印件；
（3）再许可的，还需报送注册人同意注册商标使用再许可授权书；
（4）申请人直接在商标注册大厅办理的提交经办人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的提交代理委托书。
B．报送变更许可人／被许可人名称备案的，提交以下书件：
（1）《变更许可人／被许可人名称备案表》；
（2）变更后的身份证明文件复印件；
（3）有关登记机关出具的变更证明文件原件；
（4）申请人直接在商标注册大厅办理的提交经办人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的提交代理委托书。
C．报送商标使用许可提前终止备案的，提交以下书件：
（1）《商标使用许可提前终止备案表》；
（2）许可人／被许可人的身份证明文件复印件；
（3）申请人直接在商标注册大厅办理的提交经办人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的提交代理委托书。
D．报送撤回商标使用许可备案的，提交以下书件：
（1）《撤回商标使用许可备案表》；
（2）许可人／被许可人的身份证明文件复印件；
（3）申请人直接在商标注册大厅办理的提交经办人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的提交代理委托书。
2、具体说明：
（1）备案表应当打字或印刷。许可人／被许可人请仔细阅读填写说明，按照规定填写，不得修改格式。
（2）许可人应当在许可合同有效期内向商标局备案并报送备案材料。一个注册号对应一份备案表。
（3）一份备案表许可人只能许可一个被许可人使用注册商标。共有商标的，许可人的代表人和其他共有许可人均需提交身份证明文件复印件。
（4）商标使用许可在商标局未予以备案前可以撤回。撤回商标使用许可备案需许可人、被许可人双方同意。变更许可人／被许可人名称、商标使用许可提前终止备案不予撤回。
（二）提交申请书件
申请人直接办理的，在商标注册大厅的申请受理窗口直接提交备案书件；委托商标代理机构办理的，由该商标代理机构将备案书件报送商标局。
（三）缴纳规费
办理商标使用许可备案按类别收费，一个类别受理费为300元人民币。直接办理的，在商标注册大厅的缴费窗口直接缴纳；委托商标代理机构办理的，商标局从该商标代理机构的账户中扣除规费。
