日本过境签证办理流程如下：
1、个人申请日本签证办理流程：准备签证资料，在日本使馆官网下载签证申请表等模板类文件。签证在申请人户籍所在地所属的领区签证处交款，向领馆递交资料。等待领馆受理，领取签证；
2、通过旅行社申请办理流程：按照页面要求准备资料，资料递交旅行社，旅行社审核材料，递交使馆，等待出签，出签后可领取签证。
日本过境签证申请所需资料如下：
1、有效期超过6个月的护照；
2、填写完整的签证申请表；
3、白底彩色2寸照片1张；
4、申请人所在户口本的复印件；
5、经过确认的联程机票；
6、目的地国的入境签证。
法律依据：《中国普通护照和出入境通行证签发管理办法》第六条
机关出入境管理机构受理16周岁以上公民的电子普通护照申请，应当现场采集申请人的指纹信息。
不满16周岁的公民申请电子普通护照，监护人同意提供申请人指纹信息的，机关出入境管理机构可以现场采集。
申请人因指纹缺失、损坏无法按捺指纹的，可以不采集指纹信息。
