法律分析：在涉外合同中规定保证金被扣除的条款需要考虑到国内外法律法规的差异性和具体情况的复杂性。因此，应当根据具体合同的性质和涉外交易的特点，合理而又明确地规定扣除保证金的条件和标准。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第九十一条：当事人可以约定保证金，但是违反法律、行规的规定的除外。
2.《中华人民共和国外商投资法》第十九条：外商投资企业应当严格按照法律、行规和所属行业的规定缴纳税款，不得退避税费。外商投资企业的利润、本金、资产和其他合法权益，依法受到保护。
3.《国际商会国际贸易术语解释通则》第二十二条：保证金的目的是确保合同的履行，应在合同中明确规定。保证金缴纳的期限、方式和数额，应当根据具体情况和风险程度进行合理协商。
根据以上法律依据和实际情况，合同双方可以就保证金的数额、缴纳方式、使用范围、扣除标准等方面进行协商和约定。同时，还应当考虑到国际惯例和商业惯例等因素的影响，以确保合同的有效性和可操作性。
