运输可以在公司所在地开。
货物运输业小规模纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具专用的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地（含互联网物流平台所在地）中任何一地，就近向税务机关申请代开专用。
申请代开专用货物运输业小规模纳税人，应符合以下条件：
1、在中华人民共和国境内提供公路或内河货物运输服务，并办理了税务登记（包括临时税务登记）。
2、提供公路货物运输服务的（以 4.5吨及以下普通货运车辆从事普通道路货物运输经营的除外），取得《中华人民共和国道路运输经营许可证》和《中华人民共和国道路运输证》；提供内河货物运输服务的，取得《国内水路运输经营许可证》和《船舶营业运输证》。
3、在税务登记地主管税务机关按小规模纳税人管理。
综上所述，随着货物运输业小规模纳税人申请代开专用地点扩围的实施，试点互联网物流平台企业代开票等技术的应用，已让更多物流小微企业享受到智慧办税的便利。
【法律依据】：
《货物运输业小规模纳税人申请代开专用管理办法》第四条
纳税人应将营运资质和营运机动车、船舶信息向主管税务机关进行备案。
第五条
完成上述备案后，纳税人可向代开单位申请代开专用，并向代开单位提供以下资料：
（一）《货物运输业代开专用缴纳税款申报单》（以下简称《申报单》，见附件）。
（二）加载统一社会信用代码的营业执照（或税务登记证或组织机构代码证）复印件。
（三）经办人身份证件及复印件。
