未获批准擅自缺勤却被扣除两倍薪资是违法行为。
企业无权克扣员工工资。
但在以下特定情形下，企业可代为扣除员工工资：
判决或裁决中规定的抚养费和赡养费；
企业代为缴纳的个人所得税；
企业代为缴纳的应由员工承担的各类社会保险费用；
以及其他特殊情况。
【法律依据】
《工资支付暂行规定》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
